Samo stajaća voda pogoduje razvoju bakterija.
Voda svakodnevno protiče kroz omekšivač stoga nema rizika od razvoja bakterija. U slučaju da vodu u kući ne upotrebljavate dulje vrijeme, npr. dok ste na odmoru, može se aktivirati funkcija u uređaju kojom će omekšivač vršiti regeneraciju svakih nekoliko dana kako bi se spriječio rast bakterija. Omekšavanje vode spriječava rast opasnih bakterija poput legionele, koja se nakuplja u naslagama kamenca.